Anfang Februar 2000 wurde die schwarz-blaue Regierung von Bundespräsident Klestil mit steinerner Miene angelobt. Wegen der öffentlichen Proteste und Demonstrationen musste erstmals in der Geschichte der Zweiten Republik eine Regierung einen unterirdischen Gang für den Weg zur Angelobung beim Präsidenten nehmen. Seitens der EU wurden gegen die schwarz-blaue Regierung und insbesondere gegen die Beteiligung der radikalen Rechtspopulisten diplomatische Sanktionen erlassen, die nach einer Untersuchung (dem so genannten „Weisen-Bericht“), in der allerdings scharfe Kritik an der FPÖ geübt wurde, bald wieder aufgehoben wurden. Schon vor der Angelobung hatte Bundespräsident Klestil zwei nominierte Minister der FPÖ wegen zuvor getätigter inakzeptabler Aussagen abgelehnt.
In der SPÖ trat Viktor Klima Anfang 2000 vom Parteivorsitz zurück. Nachdem sich zunächst ein Richtungsstreit abzeichnete, wurde schließlich Alfred Gusenbauer zum neuen Parteivorsitzenden gewählt. In seine Zeit als Vorsitzender der Oppositionspartei SPÖ fielen wichtige Weichenstellungen wie etwa der Abbau der zu diesem Zeitpunkt bereits beträchtlichen Parteischulden oder die historische Aufarbeitung der so genannten „Braunen Flecken“: Als einzige österreichische Partei hatte die SPÖ ihren Umgang mit ehemaligen Nationalsozialisten in der Partei und in der Frage der Vermögensrückstellung wissenschaftlich aufarbeiten und die Ergebnisse auch publizieren lassen.
Schwarz-blaue Koalition der Pannen
Trotz demonstrativ zur Schau gestellter Einigkeit war die Regierungszeit der neuen Koalition von vielen Pannen begleitet. Dies hing vor allem damit zusammen, dass die FPÖ offensichtlich große Probleme hatte, geeignete Persönlichkeiten für die Ministerämter zu finden. Regierungsmitglieder wurden daher manchmal schon nach wenigen Wochen wieder ausgewechselt. Vor allem aber folgte eine Reihe von Niederlagen der FPÖ bei Regionalwahlen, während die SPÖ wieder deutlich zulegen konnte. Der als Person nicht in der Regierung vertretene FPÖ-Obmann Jörg Haider machte daher von Kärnten aus immer wieder – quasi als Oppositionspolitiker – gegen diese mobil.
Jörg Haider inszeniert „Knittelfeld“
Bei einem Treffen aufmüpfiger Parteitagsdelegierter im steirischen Knittelfeld im September 2002 sollte dem Regierungsteam eine kompromisslose Linie gegenüber der ÖVP aufgezwungen werden. Kurz darauf kam es zum Rücktritt des FPÖ Regierungsteams unter Vizekanzlerin Susanne Riess-Passer. Bundeskanzler Wolfgang Schüssel beendete daraufhin die Koalition.
Konservative Bilanz
Die Bilanz des „Neu-Regierens“ (so die Selbsteinschätzung der Regierung) war überaus durchwachsen. Sie reichte vom (freilich nur scheinbaren) Erfolg eines „Nulldefizits“, der Einführung eines „Kindergelds für alle“ und der „Abfertigung neu“ bis hin zu den unpopulären Ambulanzgebühren oder der Besteuerung der Unfallrenten. Vor allem kam es entgegen der ideologischen Rhetorik tatsächlich zu einer Erhöhung der Steuer- und Abgabenquote. In jedem Fall aber war ein Damm gebrochen: Die offen mit aggressiver Ausländerfeindlichkeit und bewussten Tabuverletzungen operierende rechtspopulistische Haider-FPÖ war mit Hilfe der ÖVP in die Regierung gekommen.
Neuwahlen schwächen die FPÖ
Bei der Nationalratswahl 2002 gewann die SPÖ zwar dazu und erreichte rund 36% der Stimmen, der tatsächliche Nutznießer des Knittelfeld-Fiaskos war aber Wolfgang Schüssel. Die ÖVP legte von 27 % der Stimmen im Jahr 2009 auf 42 % zu. Erneut schmiedete Schüssel einen Pakt mit der nun deutlich schwächeren FPÖ, die auf 10% zurückgefallen war und nur mehr knapp vor den Grünen (9,42%) zu liegen kam. Im Februar 2003 präsentierte Wolfgang Schüssel sein neues Kabinett, in dem die ÖVP gegenüber der geschlagenen FPÖ die klar tonangebende Partei war. In Rekordzeit beschloss die Regierung eine Fülle von Gesetzesvorhaben. Die internen FPÖ-Turbulenzen kamen jedoch zu keinem Stillstand und auch die Widerstände gegen die Regierungspolitik wuchsen. An einer Demonstration des ÖGB gegen die unsoziale Pensionsreform der Regierung beteiligten sich rund 200.000 Menschen.
Die SPÖ verzeichnete weitere Erfolge auf Länderebene, insbesondere bei den Landtagswahlen in Salzburg (2004) und der Steiermark (2005), wo jahrzehntelange Machtpositionen der ÖVP erobert werden konnten. 2004 gewann der Kandidat der SPÖ, Heinz Fischer, der viele Jahre als Erster Nationalratspräsident amtiert hatte, die Bundespräsidentschaftswahl gegen die ÖVP-Kandidatin Benita Ferrero-Waldner deutlich. In Wien konnte die SPÖ 2005 unter Bürgermeister Michael Häupl mit knapp unter 50% an Stimmen die absolute Mandatsmehrheit zurück erobern.
Spaltung des nationalen Lagers
2005 spaltete sich unter der Führung des Kärntner Landeshauptmanns Jörg Haider das BZÖ von der FPÖ ab, doch trotz dieser krisenhaften Entwicklung blieb die Regierung im Amt. Dennoch standen die Nationalratswahlen im Jahr 2006 für die SPÖ in einem trüben Licht. Der BAWAG-Skandal, bei dem die Gewerkschaftsbank Existenz gefährdende Verluste bei Spekulationsgeschäften einräumen musste, überschattete die anfangs günstige Ausgangsposition der Sozialdemokraten. Gegen die führenden Banker und Manager wurde ein Prozess eingeleitet.